実は更新されていないのではなく、別のところに更新されていたのだ。
もともと更新したかったのは
\HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\.....だった。
ところが実際に更新されていたのは
\HKEY_LOCAL_MACHINE\Wow6432Node\SOFTWARE\Microsoft\.....だった。
原因はプログラムが32bit用アプリケーションだったためだった。
このレジストリはどうやら64bit用アプリでないと本来の場所に書き込まないらしい。
そこで64bit用にコンパイルし直す必要が出てきたのだが、32bitと64bit別々に作るのは煩わしい。
調べてみると両方で動作するコンパイル方法があることが判った。
ビルドメニューの「構成マネージャ」からプラットフォームで「Any CPU」を指定すればいいのである。
64bit対応アプリの作成方法の参考ページ
http://code.msdn.microsoft.com/windowsdesktop/10-64-NET-VB-ae70ffc1
ここには以下の表が掲載されている。これで一目瞭然。